高新區集團黨委下設二級黨委1個（廣州市微生物研究所黨委），黨總支2個（高新建設黨總支、黃陂公司黨總支），黨支部24個。現有黨員365名。集團設黨群工作部，負責黨建工作。

 2017年以來，高新區集團黨委重視“榜樣的力量”，不斷挖掘系統內優秀黨組織和優秀黨員事跡，加強樹立典型和標桿。涌現出了一批先進黨組織和個人：

 2017年，廣州市國營黃陂農工商聯合公司黨總支部等5個基層黨組織榮獲高新區集團“優秀基層黨組織”稱號；熊宇勤、雷佳儉等10人榮獲集團“優秀黨務工作者”稱號。

 2018年，廣州市國營黃陂農工商聯合公司黨群黨支部榮獲“2018年廣州市星級黨支部”稱號。

 2019年，集團辦公室黨支部等5個黨組織榮獲集團“2019年度先進黨組織”稱號；芮守紅、李斌等5名同志榮獲集團“優秀黨務工作者”稱號；李偉良、林思紅等11名同志榮獲集團“優秀共產黨員”稱號。

 2019年，廣州市國營黃陂農工商聯合公司黨總支部榮獲“黃埔區廣州開發區先進黨組織”稱號；楊戈同志榮獲“黃埔區廣州開發區優秀共產黨員”稱號。

2021年7月，高新控股黨支部榮獲“黃埔區 廣州開發區2020年度先進黨組織”稱號。